O ile dysponuje się odpowiednią wiedzą oraz zapleczem technologicznym to wybór oprogramowania staje się jeszcze bardziej skomplikowany przez wysokie zróżnicowanie dostępnych skryptów. Zaliczyć należy do nich darmowe aplikacje open source, takie jak OpenCart lub Gekosale, odpłatne oprogramowanie „pudełkowe” i pisane na zamówienie i dostosowane do indywidualnych potrzeb sklepy online. Wszystkie z nich cechuje nieograniczony dostęp do plików i bazy danych, co jest ważną zaletą, jakiej nie posiadają rozwiązania hostowane. Ponadto posiadając akces do niezaciemnionego kodu oprogramowania sklepu online można go modyfikować oraz wyposażać w dodatkowe funkcjonalności, o ile licencja aplikacji na to pozwala.
Podczas dokonywania wyboru softu sklepu online nie bez znaczenia jest jego koszt. Niemałą grupę skryptów sklepów internetowych stanowi oprogramowanie open source. W przypadku bardzo ograniczonego budżetu jest to najczęściej wybierane rozwiązanie. Warto pamiętać o tym, że brak opłaty za aplikację nie znaczy, iż wdrożenie takiego sklepu online jest pozbawione wydatków. Może się okazać, co dość często ma miejsce, iż zainstalowanie i dostosowanie sklepu online na darmowej aplikacji open source jest niejednokrotnie droższe niż komercyjne rozwiązanie „pudełkowe”. Dodatkowo płatność za oprogramowanie wcale nie daje pewności lepszych możliwości oraz sprawniejszego funkcjonowania.
Spośród oprogramowania dostępnego za friko w obecnej chwili swą uwagę należy skupić na PrestaShop, OpenCart i Magento. Być może już niebawem polskie oprogramowanie sklepu online Gekosale zainteresuje przedsiębiorców zamierzających prowadzić sprzedaż w Internecie. Lepiej jednak nie przesądzać o przyszłości Gekosale, ponieważ system ten jest dość świeży, wciąż tworzony i mało znany.